ザフトのインパルスガンダムによって、オーブ軍旗艦のタケミカズチは轟沈。艦長のトダカ一佐も艦と運命を共にした。トダカ一佐の最後の命令を受けて、アマギ一尉率いるムラサメ隊はアークエンジェルへと合流した。未だ戦略目標の定まらないアークエンジェル…

忍野忍との時間旅行から戻った阿良々木暦は、八九寺まよいとともに彼女のリュックを返すために帰途についていた。その直後、二人は正体不明の「くらやみ」を認識してしまい、追尾されるようになる。必死で逃げる二人だが、正体不明なそれは徐々にその圧迫感…