西欧州を強襲するデストロイガンダムの脅威に対して、立ち向かうことを決断したアークエンジェル。しかし、デストロイガンダムの圧倒的な戦力を前に、キラ・ヤマトのフリーダムですら攻めあぐねる。一方のザフト側も、デストロイガンダムへの対策としてミネ…

逃げおおせたはずの「くらやみ」が、再び阿良々木暦たちのもとに迫る。辛くも再度逃げることに成功した阿良々木暦だったが、忍野忍の姿がどこにもないことに気付くのだった。