司馬達也の活躍もあり、横浜での騒乱は鎮圧され、その実行部隊も殲滅される。だが、その背後にいた国家が艦隊を動かし、もはやテロではなく戦争が始まらんとしていた。この艦隊を戦略魔法によって壊滅させることに成功した結果、戦争の概念ががらりと変わる…

軍としてテロリストを鎮圧していく司馬達也。その一方で、魔法科高校の魔法師たちも一般市民を守るために、否応なく戦闘に巻き込まれていく。戦闘の最中、凶弾が桐原武明と五十里啓を襲う。

テロリストたちは論文コンペ会場にも襲撃をかけるも、その場に居合わせた司馬達也を始め、警備部隊の活躍によって一時的に小康状態となる。しかし、横浜全体がテログループによって戦闘状態となっており、安全のために会場内の生徒たちをシェルターへと避難…

一連の事件の実行犯を確保したことで、論文コンペは滞りなく行われるかと思われた。だが、コンペ当日の会場の異様な雰囲気を察した警備隊は、その警戒レベルを最大までに上げる。司馬達也も参加している第一高校の発表が無事に終わったそのとき、事件は起こ…

司馬達也は師匠である九重八雲の助言により、自らが預かっているレリックが狙われている対象であると気付く。論文コンペとレリック、それぞれ狙われている対象が明確になったことで、達也は対策を打ち出す。達也の対策は早々に論文コンペの内通者、そしてレ…

論文コンペの準備中、付近にいた不審者を発見しこれを捕えるも、二科生の少女であった。彼女は九校戦時の件で、司馬達也に個人的な恨みを持っており、そのための妨害工作であった。達也自身は、これは本命ではないと看破し意に介さない。既に本件に絡んでい…

司馬達也の自宅サーバがハッキングを受け、達也は論文コンペに絡んだ犯行ではと考える。魔法科高校側でも例年、論文コンペ参加者の周辺警護を行っているという。しかし、例年の論文コンペでは盗難や置き引きの類を警戒するのであって、ハッキング等の「大そ…

2学期が始まり、生徒会や部活動においては新旧の体制が入れ替わっての活動がスタートする。ちょうどこの頃、武の覇権を争う「九校戦」に対して、文の覇権を争う「論文コンペ」が開催される。司馬達也は、市原鈴音の推薦を受け、この論文コンペの代表チームに…

九校戦は司馬深雪のミラージ・バット優勝をもって第一高校の総合優勝が確定する。その夜、これまで九校戦に介入していた背後組織の正体を国際犯罪シンジケート、無頭竜（ノーヘッドドラゴン）であると突き止めた司馬達也は、その日本支部を壊滅させるために…

モノリスコードの勝利によって、第一高校の総合優勝が限りなく近づき、ミラージ・バットに勝利すれば優勝は決定的となるという。だが、第一高校の総合優勝を望まない背後組織はまたしても暗躍し、ミラージ・バットに使用する第一高校のCADに細工を仕掛けてく…

モノリスコード決勝まで勝ち抜いた司馬達也たちは、最大の難敵である第三高校との決戦に挑む。デバイスへの工夫を始め、達也は決戦に向けて様々な準備を整える。実力差は大きく、劣勢を強いられる第一高校は、達也の策によって勝利を得ることができるのか・…

モノリスコードの代役として白羽の矢が立った司馬達也は、ともに戦うメンバーとして西城レオンハルトと吉田幹比古を選ぶ。達也自身の手の内を明かさないよう、様々な面で自ら制限を課しながらも準決勝を突破した達也たち。決勝戦の相手は、総合得点でも第一…

女子新人戦の活躍により、第一高校は準優勝以上が確定する。しかし、男子新人戦における妨害行為によりメンバーが負傷してしまう。本来であれば棄権となるところだが、運営側の不手際もあり、代役による大会参加の続行が認められる。その代役として白羽の矢…

北山雫たち1年生の奮闘があり、九校戦はなんとか第一高校優位に進行する。しかし、この九校戦を賭博の対象として暗躍するグループにとって、第一高校の活躍は望むところではなく、さらなる妨害工作へと動き出す。

順調に勝ち抜いていた渡辺摩利にアクシデントが発生し、肋骨を骨折する重傷を負ってしまう。その渡辺摩利の事故も、第三者による不正行為の疑いがあるという。司馬達也は、それが大会運営委員によるものと看破するが、どのような手段によるものか概要を掴み…

幸い、事故によって第一高校の選手たちに被害が及ぶことはなかった。各選手たちは九校戦のそれぞれの競技を戦い抜く。しかし、三連覇がかかった今大会であったが、残り6競技のうち4競技で優勝しなければ総合優勝に届かないかもしれないという。第一高校は残…

九校戦の会場へと向かうバスが重大な事故に巻き込まれるも、バス内にいた魔法科高校の生徒会長らの的確な判断によって、負傷者なしに事故は収束する。事故後の調査を行った司馬達也は、この事故がそもそも何者かによって引き起こされた人為的なものであるこ…

二科生として初めて、九校戦エンジニアに選出された司馬達也は、代表の一人として壮行会に参加する。仲間たちの激励を受けながら、九校戦に向かう達也たちであったが、移動中のバスが重大な事故に巻き込まれてしまい・・・。

全国の魔法大学付属高校がスポーツにおいてその覇を競い合う「九校戦」の時期がやってきた。人材豊富な魔法科高校においても悩みの種であったのが、魔法を使用する際にその媒介となるデバイスの調整を行うエンジニアの存在だった。不足するエンジニアの問題…

反政府勢力を撃退した司馬達也は、彼らを追跡し殲滅する作戦を立案する。魔法科高校の執行部を始め、腕利きの猛者たちが作戦に参加。反政府勢力、ブランシュの日本支部を壊滅に追い込むのであった。

魔法科高校内に侵入した反政府勢力の人間たちを確保、拘束していく司馬達也たち。反政府勢力の狙いは、魔法科高校内に存在する魔法に関する最先端の情報であった。

反政府勢力とのつながりのある者たちが、魔法科高校内でも暗躍していた。彼らは二科生と一科生との間の差別撤廃を大義名分として放送室を占拠する暴挙に及ぶ。これに対して、生徒会は公開討論という形で交渉の場を設けるが、そこへ反政府勢力による襲撃が起…

魔法の不正使用者を1名拘束した司馬達也は、可能な限り寛大な処置となるように取り計らう。風紀委員として職務に励む達也に、突如として何者かの襲撃があり、達也はそれを反政府勢力の仕業であると看破する。

生徒会副会長の服部との模擬戦に圧勝した司馬達也は、晴れて風紀委員会に入ることとなる。風紀委員会には優越感を持つものはいたとしても、相手の実力を正しく評価できる人間がそろっており、達也にとっても居心地がいいはずだと渡辺摩利は告げる。達也が風…

一科生との諍いを風紀委員をはじめとした生徒会に見咎められた司馬達也らは、達也のとりなしによって事なきを得る。風紀委員長の渡辺摩利は達也のその力を高く評価する。新入生総代を務めた司馬深雪は、生徒会役員への参加を求められるが、その際に兄の達也…

21世紀末、魔法が技術として確立した世界において、司馬達也と司馬深雪の兄妹は、魔法師を育成する国立大学付属第一高校に入学する。妹の深雪は優秀な魔法師の卵である優等生、一科生として。兄の達也は劣等生とされる二科生として。極度のブラコン気質であ…