神殿にてバルターを捕虜としたギャラクティカは、バルターはサイロンに何を伝えたのか情報を得るために尋問にかける。しかし、バルターに罪の意識はなく、被害者の意識が強いために尋問は進展を見せない。

4000年前に地球へ移り住んだ13番目の部族が残したと思われる神殿に集う人類とサイロン。そして、そこへ超新星爆発という要素が重なり合う。チロルは、神殿に残された絵が、超新星爆発のことを差していることに気付く。一方、サイロンではNo.3モデルの独断専…

食料となる海藻を回収していたギャラクティカのメンバーは、惑星にて地球の手掛かりであるジュピターの目があると思われる神殿を発見する。しかし、そこへ現れたサイロンは、ジュピターの目の引き渡しを求めるが、アダマ提督は神殿を核攻撃で吹き飛ばす姿勢…

ギャラクティカは、感染したサイロンの母艦に接触し、生存していたサイロンを回収する。コトル医師の分析の結果、サイロンの感染の原因が判明する。アダマ提督、ロズリン大統領は、感染したサイロンを再生船の領域内で処刑し、感染したサイロンをダウンロー…

ギャラクティカの備蓄食料が汚染されてしまったため、至急食物に加工可能な植物の生育する惑星を探すギャラクティカ。惑星は見つかったものの、強い放射線の中を抜けねば、その惑星にたどりつくことができない。ギャラクティカは、ラプターを各民間船の先導…

「ダンス」と称する艦内ボクシングが開催される。認識票を箱に入れれば、階級や役職に関係なくボクシングに参加できる催しだ。催しの最中、各自ニュー・カプリカ移植当初の、希望に溢れていた頃を回想する。アダマ提督は、移植当初にサイロンとの戦争が終わ…

かつてアダマ提督の部下であったノヴァチェク中尉はサイロンの捕虜となっていたが、サイロンの隙をついて脱出し、ギャラクティカと合流することに成功する。しかし、彼とアダマが過去に行った作戦は、サイロンと人類の開戦の引き金となったとアダマは感じて…

バルターが残した地球への道のりの手掛かりを元に、ロズリン大統領とアダマ提督はシャロンの乗った調査船を派遣する。サイロンもまた同じポイントに調査隊を送っていたのだが、そこにはサイロンを狂わせる感染源が存在するのだった。

ニュー・カプリカからの脱出に成功した人類だったが、サイロンへの反乱組織の幹部たちはサイロンに協力していた人間たちへ粛清を開始した。一方、サイロンたちの母艦へと連れられたガイアスは、その処遇をめぐってサイロンたちの間で意見が割れていた。

ギャラクティカの応援部隊と反乱組織の連携により、処刑されようとしていた人々の救出に成功。彼らは、計画通りサイロンから宇宙船の発射キーを取り戻す作戦を実行に移す。そのために潜入したシャロンは、サイロンから彼女の娘であるヘラが生きていると告げ…

ギャラクティカ、反乱組織によるニュー・カプリカ脱出作戦は実行に移された。ギャラクティカは地上にバイパーを送りこむために、大気圏内にワープを強行する。サイロンのベーススター2隻を相手に大立ち回りを演じるギャラクティカだが、そこへさらなるベース…

サイロンは自爆テロの報復として、事件に関わったと思われる人類を次々と逮捕・拘留していく。ローラ・ロズリンの説得にも関わらず、反乱組織のソール・タイ元大佐は自爆テロをやめる気配を見せない。サイロンは、ついに拘留した者たちの処刑を決定する。一…

サイロンに全面降伏した人類だが、ニュー・カプリカでは旧ギャラクティカの面々を中心に、反乱組織が活動を開始していた。また、軌道上空から撤退したギャラクティカも、戦うに備えて訓練を続けていた。ラプターを経由した地上とギャラクティカの連絡にも成…

ギャラクティカの応援部隊と反乱組織の連携により、処刑されようとしていた人々の救出に成功。彼らは、計画通りサイロンから宇宙船の発射キーを取り戻す作戦を実行に移す。そのために潜入したシャロンは、サイロンから彼女の娘であるヘラが生きていると告げ…

人類が生存可能な惑星の発見は、バルターの起死回生な策へとつながった。ニュー・カプリカと名付けられた惑星への移住を提案するバルターは船団の支持を取り付け、大統領選に勝利する。 また、サイロンの襲撃を受けながらも、カプリカのレジスタンスを救出し…

ガイアス・バルターが大統領選への出馬を表明、ローラ・ロズリンとの一騎打ちとなる。だが、バルターには具体的な策もなく、ロズリンの再選は堅いと思われていた。 一方、カーラ・スレイスの主張しているカプリカのレジスタンス救出作戦が実行に移されること…

カプリカでガイアスをかばって死んだサイロンのナンバー6。そしてギャラクティカで銃殺されたサイロンのシャロンは、それぞれ新たな体にダウンロードされた。だが、彼女たちは以前の体で人を愛したことによって、周りのサイロンたちとは異なる考え方にとらわ…

ケイン提督、フィスク大佐と続けて艦長を失ったペガサスに、優秀な機関士であるガーナーが艦長として就任した。だが、ガーナーの采配は機械に対しては有効であっても、人の采配の経験が足りないために、周辺との不協和音を招く。行方不明となったラプターか…

ギャラクティカのクルーたちは、休暇時にはクラウドナインのラウンジで楽しんでいる。彼らの休暇中に、ギャラクティカがサイロンを匿っていることを糾弾するテロリストによって、クラウドナインは占拠されてしまう。同じく、休暇のためにクラウドナインを訪…

カーラとキャットは、バイパー隊を次々と撃墜しているサイロン、「スカー」を討つべく、ペアで出撃する。しかしカーラは、カプリカに残るレジスタンスのアンダーソンが気がかりで集中できない日々を過ごしていた。不安定な飛行隊長であるカーラを責めるキャ…

奇跡的な回復を遂げたロズリン大統領は政務に復帰する。数々の政務の中、彼女が早急に解決すべきと命じたのはブラックマーケットの存在だった。ケイン提督の死後、ペガサスの艦長に就任したフィスクは、ブラックマーケットに対する政策を渋る。だが、そのフ…

ケイン提督とアダマ司令官の暗殺は、それぞれの信頼への歩み寄りによって回避された。しかし、ケイン提督はペガサスの営倉を脱出したサイロンによって殺害されてしまう。ケイン提督の死亡により、艦隊の指揮を引き継ぐことになったアダマ司令官は、ロズリン…

ギャラクティカとペガサスの同志討ちを防いだのは、サイロンの「レザクション・シップ（再生船）」と呼ばれる重要攻撃拠点の情報を持ちかえったカーラ、スターバックだった。レザクション・シップは、死んだサイロンのデータを引き継ぎ、新たな人型サイロン…

ペガサスより派遣された士官が、尋問と称してサイロンであるシャロンへの強姦を行うことを知ったヒロとチロルは激昂し、シャロンのもとへ駆けつける。その際、ヒロとチロルに吹き飛ばされた士官は、頭の打ちどころが悪くそのまま死んでしまう。ペガサスの軍…

ギャラクティカは航行中に、かつての所属であったコロニアル艦隊の信号を発信する船と遭遇する。サイロンによる罠の可能性を心配したギャラクティカは、迎撃態勢を取るが、その艦船は正真正銘コロニアル艦隊の戦艦ペガサスであった。同朋との思いがけない出…

船団とはぐれてしまったときに、緊急の対策としてギャラクティカをネットワークに接続したときから、ギャラクティカのシステムにエラーが多発していた。ギャラクティカのシステムの不調はサイロンのコンピュータウィルスによるもので、このままでは致命的な…

アダマ艦長が倒れ、ロズリン大統領が拘束されていた期間に、貨物船ギデオンで起こった民間人死傷事件について、軍への責任を追及する報道者、ディアナ・ビアーズは、復帰したアダマ艦長とロズリン大統領に呼びだされる。彼女は、二人から船団を危険に晒す行…

銃弾に倒れたアダマ艦長が生死の境を越え職務に復帰した。アダマ艦長は分裂した船団を再び一つに戻すため、コボルに向かった大統領らを追いかける。

なんとかカプリカを脱出し、ロズリン大統領の宇宙船に合流したヒロとカーラであったが、アダマ艦長不在のギャラクティカの船団は、大統領派とアダマ艦長派に分裂するという緊急事態に陥っていた。大統領は、カーラが持ち帰ったアポロの矢と予言に従い、地球…

サイロンの奇襲によって負傷したカーラは、サイモンという医師によってその命を救われる。だが、そこはサイロンの恐るべき施設の一つだった。